1929 kauften der Bernische Milchkäuferverband (BMKV) und der Schweizerische Milchkäufer­verband (SMKV / heutige FROMARTE), die seit 1850 existierende Käsehandlungsfirma Samuel Bürki & Co., an der Lyssachstrasse in Burgdorf. Dies war der Start der heutigen Milka Käse AG, welche nun seit über 90 Jahren in Burgdorf tätig ist. 1990 zog die Milka Käse AG in ihren Neubau an der Buchmattstrasse 15 in Burgdorf. 1997 wurde eine Erweiterung des Kellers realisiert, welche der Milka Käse AG die Möglichkeit eröffnete, knapp 2 Millionen Kilogramm Käse auszureifen.

Ende der 90 Jahre wurde ein Zusammenarbeits­vertrag mit der Emmi Schweiz AG und der Milka Käse AG abgeschlossen. Nach 20 Jahren erfolgreicher Zusammenarbeit wurde dieser Vertrag per Ende 2018 nicht mehr erneuert.

Nach einem Entschluss der Aktionäre ist die Milka Käse AG seit dem 1. Januar 2019 nun wieder aktiv im nationalen und internationalen Käsehandel tätig. Ein erster Schritt im 2019 war die Übernahme der Peter Bürki Trading AG, welche zu den grössten Exporteuren von Schweizer Emmentaler AOP nach Italien gehörte. Durch die Aquisition sicherte sich die Milka Käse AG einen Zugang zum italienischen Markt.

Die Milka Käse AG lagert heute Emmentaler AOP und Gruyère AOP aus rund 30 Dorfkäsereien der ganzen Schweiz ein und pflegt die Käse bis zur optimalen Konsumreife. Neben dem Kerngeschäft hat sich die Firma unter anderem auch auf die Auswahl, Reifung und Verkauf von weiteren Schweizer Premium-Käsen spezialisiert, welche unter der Marke Swisscru verkauft werden.